<div dir="auto">Thank You, Jeff<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">It may be a bad idea, but they received by spit about 2 weeks ago, there's no turning back now.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I did read there were something like 750k pieces of data they looked at, but i didn't realize that was "out of 3 billion" :-)</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks for sharing.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I'm not so interested in how smart/intelligent i am, i don't think dna says that (some of that is upbringing, what parenting you've had, what schools you went to, what your neighbors/classmates encouraged or discouraged---peer pressure pro and against education-- when i was growing up 'geek' and 'nerd' were bad words and you didn't want to be one, now i understand it's a badge of honor, in some communities anyway).  On the other hand, the sample results, as i think i mentioned, showed how with certain pairs you could identify potentially genetically predisposed health conditions (including mental health).  I was surprised that same pair identified chronic sinusitis too- horrible long term issues i've had with that, but i found a machine to flush my nose which hsa been keeping the problem at bay somewhat.<br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">---<br>Sent from Tablet</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Apr 5, 2017 2:29 PM, "Josef 'Jeff' Sipek" <<a href="mailto:jeffpc@josefsipek.net">jeffpc@josefsipek.net</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I realize my reply is somewhat late, but I thought I'd share my thoughts<br>
anyway.<br>
<br>
On Mon, Mar 13, 2017 at 22:06:35 -0400, Robert Wilkens wrote:<br>
> On this mailing list a few months ago (??) there was discussion of DNA and<br>
> Crispr and all that.<br>
><br>
> I finally got curious enough to buy a DNA test kit, but i didn't do<br>
> anything with it yet (didn't get it yet).  Thanks to this list i learned<br>
> there are places you can upload your raw DNA data file to for analysis, one<br>
> i found was something called promethease i think.<br>
><br>
> In the 'sample results' (again, i don't have mine yet) -- one single result<br>
> (gene) found showed a likelihood for autism, schizophrenia, and chronic<br>
> sinusitis, and i deal - daily - with some level of all three.  I am<br>
> expecting a similar genetic result in that department.  I am curious if i<br>
> am right.<br>
<br>
My mom got curious about the ancestry aspect of it last year, and I couldn't<br>
help but try to read up on it.  I looked at two or three websites, which I'm<br>
not going to name to avoid advertising for them (and I'd have to look them<br>
up again anyway to get the names right).  Since the services were very<br>
similar, I'll just lump them into a simple "they".<br>
<br>
The thing that I found intriguing about some of the DNA ancestry sites was<br>
that they let you download the "raw" data.  (The interpreted data is of the<br>
form "you are 35% eastern European, 27% western, ..." and therefore a cute<br>
curiosity, but otherwise totally useless if you or your family has *ever*<br>
moved.  I could see how it could be useful for someone who didn't know that<br>
some ancestor was from a different continent.)  Anyway, raw data...  If you<br>
dig deep enough into the FAQs, you can find out what sort of sequencing they<br>
do.  They'll say things like "we use blah-blah DNA testing, which samples<br>
750k locations."  If you do a bit of reading up on DNA and then do a bit of<br>
math, you realize that what they are really saying is "of the 3 billion<br>
base pairs in your DNA, we look at less than 1 million, so we ignore 99.9%".<br>
While I am certain that this sort of sampling is perfectly fine for very<br>
course grained classification (e.g., which continent are you from?), I<br>
expect it to be mostly useless if you want to do any serious research.<br>
<br>
When reading up on this, I had an unfair advantage - a friend of mine has<br>
spend some time working with DNA sequencing researchers so he was able to<br>
dumb down some of the explanations to my level.  He concluded our<br>
conversation with this gem: "I would heartily recommend against such<br>
screening".<br>
<br>
(He also pointed out that there is a problem that no one in genetics likes<br>
to talk about - the missing heritability problem [1].  I don't even pretend<br>
to understand it, but as far as I know the gist of it is - using DNA is a<br>
questionable way to answer questions like "how intelligent/something are<br>
you?", but it is ok for matching up DNA substrings against geotagged<br>
substrings for genealogy reasons.)<br>
<br>
There apparently are some new developments with DNA sequencing<br>
and genotyping, but it is all "lab grade" stuff.<br>
<br>
<br>
As other's have pointed out, there is certainly a privacy issue.  One of the<br>
pay-for features is actually "willful privacy violation" of sorts - they try<br>
to figure out family relationships between the DNA samples they received.<br>
And if you pay them, you can see the results.  This can be very useful for<br>
finding long lost relatives, but at the same time it encroaches onto<br>
people's privacy in some ways.<br>
<br>
Ultimately, do whatever makes you happy.  Chances are that even such a<br>
limited sampling of ones DNA can provide days of entertainment to amateurs<br>
like us.<br>
<br>
Jeff.<br>
<br>
[1] <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Missing_heritability_problem" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.wikipedia.org/wiki/<wbr>Missing_heritability_problem</a><br>
<br>
> I think someone mentioned some kind of "open source" DNA analysis?  If<br>
> there is can you mention what it was called?  I will then put it 2-3 months<br>
> ahead on my calendar to then remind me to find and try it once i have<br>
> results, hopefully something compatible with ancestry's file format (? is<br>
> it different?).<br>
><br>
> I am OK to run software comptaible with Linux, Android, or Windows.<br>
><br>
> -Rob<br>
><br>
><br>
><br>
> ---<br>
> Sent from Tablet<br>
<br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Lilug mailing list<br>
> <a href="mailto:Lilug@lists.lilug.org">Lilug@lists.lilug.org</a><br>
> <a href="http://lists.lilug.org/listinfo.cgi/lilug-lilug.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.lilug.org/<wbr>listinfo.cgi/lilug-lilug.org</a><br>
<br>
<br>
--<br>
Intellectuals solve problems; geniuses prevent them<br>
                - Albert Einstein<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Lilug mailing list<br>
<a href="mailto:Lilug@lists.lilug.org">Lilug@lists.lilug.org</a><br>
<a href="http://lists.lilug.org/listinfo.cgi/lilug-lilug.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.lilug.org/<wbr>listinfo.cgi/lilug-lilug.org</a><br>
</blockquote></div></div>